水質自動監測站的監測項目包括水溫、pH、溶解氧（DO）、電導率、濁度、高錳酸鹽指數、COD、氨氮，湖泊水質自動監測站的監測項目還包括總氮、總磷硝酸鹽氮和亞硝酸鹽氮等。根據地表水的情況，建議監測：COD、氨氮、總磷、總氮、硝酸鹽氮、亞硝酸氮、五參數、葉綠素、藍綠藻、總鐵、總銅、總砷、總鉛、總鎳、總錳指數、總鎘、總鋁、總鈷、總汞、氰化物指數、氯化物、六價鉻、氟化物、揮發酚、總銀、總鋅、BOD。

水質自動監測站的監測頻次一般采用每 1-4 小時采樣分析一次。每天各監測項目可以得到 6 -24個監測結果，可根據管理需要提高監測頻次。

監測數據通過無線GPRS，視頻可以通過無線CDMA或有線ADSL，VPN等方式傳送到各級監測中心站。為充分發揮已建成的地表水質自動監測站的實時監視和預警功能，可根據相關部門的要求在互聯網上發布水站的實時監測數據。

主要監測指標含義

高錳酸鹽指數是指在一定條件下，以高錳酸鉀為氧化劑處理水樣時所消耗的量，以氧的mg/L 來表示。水中的亞硝酸鹽，亞鐵鹽，硫化物等還原無機物和在此條件下可被氧化的有機物，均可消耗高錳酸鉀。因此，高錳酸鹽指數常被作為水體受還原性有機物質污染程度的綜合指標。

氨氮（NH4-N）：氨氮以溶解狀態的分子氨（又稱游離氨，NH3）和以銨鹽（NH4+）形式存在于水體中，兩者的比例取決于水的 pH 值和水溫，以含 N元素的量來表示氨氮的含量。水中氨氮的來源主要為生活污水和某些工業廢水（如焦化和合成氨工業）以及地表徑流（主要指使農田使用的肥料通過地表徑流進入河流、湖庫等）。

總磷、總氮：水中磷可以元素磷、正磷酸鹽、縮合硫酸鹽、焦磷酸鹽、

偏磷酸鹽和有機團結合的磷酸鹽等形式存在。其主要來源為生活污水、化肥、有機磷農藥及近代洗滌劑所用的磷酸鹽增潔劑等。磷酸鹽會干擾水廠中的混凝過程。水體中的磷是藻類生長需要的一種關鍵元素，過量磷是造成水體污穢異臭，使湖泊發生富營養化和海灣出現赤潮的主要原因。

pH：表征水體酸堿性的指標，pH 值為 7 時表示為中性，小于 7 為酸性，大于 7 為堿性。天然地表水的 pH 值一般為 6~9 之間，水體中藻類生長時由于光合作用吸收二氧化碳，會造成表層 pH 值升高。

流量：主要是控制排水量，掌握每天的進出口的水量情況。

五參數：pH 、水溫 、濁度 、電導率、 溶解氧。